Picture
Joon. 20. Planktilised sinivetikad.
Magevees

Sinivetikad eelistavad kõrge toiteainete (lämmastik ja fosfor) sisaldusega seisvaid või aeglase vooluga mageveekogusid. Mageveekogudes on enamasti fosfor fütoplanktoni, incl. sinivetikate biomassi limiteeriv biogeen, samuti on oluline N:P suhe. Enamus sinivetikaid on soojalembesed ja esinevad seetõttu arvukamalt suvel. Toiteaineterikastes veekogudes, kuid lämmastiku defitsiidi korral, aitab sinivetikaid (O. Nostocales) nende võime siduda õhulämmastikku. Oluline konkurentsieelis teiste vetikarühmade ees on veel see, et nad pole olulisel kohal zooplanktoni toidulaual.

Eesti järvedest on määratud ligi 400 sinivetikaliiki, nendest planktonis ca 100 liiki. Arvukamalt esinevad Eesti järvedes 40-60 sinivetikaliiki. Peipsi järve fütoplanktonis on sinivetikad arvukuselt esikohal. Arvukamad perekonnad on Gloeotrichia, Microcystis, Dolichospermum, Aphanocapsa, Aphanothece, Cyanodictyon ja Aphanizomenon. Võrtsjärves on arvukad niitjad sinivetikad perekondadest Limnothrix, Planktolyngbya ja Aphanizomenon. Eesti väikejärvede sinivetikafloora on väga mitmekesine. On leitud, et viimase 30-40.a. jooksul on sinivetikate ohtrus mõnevõrra suurenenud.
Eesti suurematest jõgedest, Narva jõest ja Emajõest on mõlemast kindlaks tehtud ca 50 sinivetikataksonit. Narva jões domineerivad biomassilt Peipsile iseloomulikd liigid, Emajões on arvukamad Võrtsjärve dominantliigid. Eesti väikejõgede fütoplanktonis esinevad sinivetikad harva ja väikese arvukusega.